O município de Serra do Navio foi criado em 1º de maio de 1992, através da lei n.º 007/92.
A cidade foi criada inicialmente para abrigar os funcionários da ICOMI - Indústria e Comércio de Minérios, que firmou contrato de exploração do manganês amapaense por 50 anos, ou seja, até 2003. Entretanto, como esgotou a reserva antes do tempo previsto, a empresa deixou o local. Enquanto a sede estava sendo administrada pela ICOMI, a vila era modelo de organização e eficiência em todos os setores. Representava a rede de maior projeto privado do Estado do Amapá. Tudo funcionava satisfatoriamente, pois os moradores não precisavam sair da vila para nada. Com relação ao atendimento médico, eram efetuadas cirurgias que até hoje não se realizam na capital.
Após a instalação do Município, a sede passou a ser administrada pela Prefeitura, mas devido as dificuldades financeiras, ficou difícil manter o padrão implantado pela ICOMI, pois a manutenção de uma estrutura daquele porte demandaria bastante recursos. Por mais que o prefeito se empenhe, a cidade já apresenta sinais de decréscimo.
Com a saida definitiva da ICOMI e de sua parceira norte-americana a Bethlehem Stell, a decadência da cidade tornou-se ainda mais eficiente. Serra do Navio conheceu um fenômeno novo: a favelização oriunda da miséria que grassava na bela estrutura, aparentemente estável. A infra-estrutura lembra uma pequena cidade do sul do país. Sua fauna é bastante rica. É o único lugar no país que possui uma espécie rara de beija-flor: o brilho de fogo ou topazzi.
Uma curiosidade que pode explicar o nome da cidade é, segundo os moradores, que o rio que passa em frente à cidade, se observado via aérea, possui a forma de um navio.
Serra do Navio é uma cidade muito acolhedora numa região de extrema beleza em plena Floresta Amazônica, um lugar maravilhoso para se curtir umas boas férias.
Sua infraestrura turística ainda é precária, mas se bem planejada e bem explorada é uma região com enorme potencial.
